Η Μαρία Κούσκουρα είναι επιστημονικός συνεργάτης στο Τμήμα Φαρμακευτικής του ΑΠΘ με αυτοδύναμη διδασκαλία, ενώ παράλληλα διδάσκει επί σειρά ετών σε Τεχνολογικά Εκπαιδευτικά Ιδρύματα (ΤΕΙ) και σε Ινστιτούτα Επαγγελματικής Κατάρτισης (ΙΕΚ) κυρίως μαθήματα που σχετίζονται με την ειδικότητα των βοηθών φαρμακείου. Επίσης, συμμετέχει σε ερευνητικά προγράμματα στον τομέα της Φαρμακευτικής Τεχνολογίας και της Φαρμακευτικής Ανάλυσης.